复旦大学附属眼耳鼻喉科医院由国家一级教授胡懋廉、郭秉宽等创办于1952年，创办时名为上海医学院眼耳鼻喉科医院，2000年复旦大学与上海医科大学合并后更为现名。是国家卫生健康委员会所属唯一一所集医疗、教学、科研为一体的三级甲等眼耳鼻喉专科医院。2006年获得第二冠名——上海市五官科医院，亦为上海市红十字冠名医院、国家临床药物实验机构。眼科和耳鼻喉科均为国家重点学科及临床重点专科。医院拥有国家卫健委听觉医学重点实验室和近视眼重点实验室，上海市视觉损害与重建重点实验室，建有上海市听觉医学临床中心、上海市眼科临床质量控制中心，是国家卫健委眼科、耳鼻喉科专科医师培训基地，上海市住院医师规范化培训基地。2016年，医院成立眼科、耳鼻喉科两个研究院，整合资源，打造科研基础平台，实现临床科研一体化。2018年，医院成立“上海市眼视光学研究中心”。
医院承担的各级科研项目逐年增加，其中包括国家重点基础研究（973）项目、国家重大研发计划等。曾获得多项国家发明二等奖和国家科学技术进步二等奖，在国际顶级杂志《Nature》系列发表学术论文多篇。
建院60多年来，医院荣获7届上海市文明单位称号。秉承“精诚、团结、求实、创新”的院训，努力把医院打造成为具有国际影响力、世界一流大学的一流专科医院，业已成为五官科人共同的奋斗目标。