复旦大学附属肿瘤医院是国家卫生和计划生育委员会预算管理单位，于1931年3月1日正式成立，是一所集医疗、教学、科研、预防为一体的三级甲等肿瘤专科医院，也是中国成立最早的肿瘤专科医院。
目前医院实际开放床位1300余张，设有头颈外科、乳腺外科、胸外科、胃外科、大肠外科、泌尿外科、胰腺外科、肝脏外科、神经外科、骨软组织外科、肿瘤妇科、肿瘤内科、放射治疗中心、中西医结合科、综合治疗科、麻醉科、放射诊断科、检验科、药剂科、内镜科、病理科、超声诊断科、放射诊断科、心肺功能科、核医学科、营养科26个临床医技科室。
截至2017年底，医院有教职员工2147人，其中执业医师557人，护理人员951人，医技人员390人；正、副教授275人；博士生导师58人，硕士生导师75人。其中，刘泰福为美国放射学院院士、欧洲放射学会荣誉委员，蒋国梁为美国放射学院院士。
目前，医院有国家教育部重点学科2个（肿瘤学、病理学）、国家临床重点专科3个（肿瘤科、病理科、中西医结合科），卫生部临床重点学科3个（乳腺癌、放射治疗、病理学）、教育部创新团队1个（乳腺癌的基础和临床研究）、上海市临床医学中心3个（肿瘤学、肿瘤放射治疗、乳腺癌）、上海市重中之重临床医学中心1个（上海市恶性肿瘤临床医学中心）、上海市重中之重临床重点学科1个（胸外科）、上海卫生重点学科1个（病理学），同时也是上海市病理质控中心、放射治疗质控中心、肿瘤化疗质控中心和上海市抗癌协会挂靠单位。设有国家食品药品监督管理局认定的国家药物临床试验机构，拥有上海市乳腺肿瘤重点实验室和上海市分子影像探针工程技术研究中心，以及复旦大学肿瘤研究所、复旦大学病理研究所、复旦大学乳腺癌研究所、复旦大学胰腺癌研究所、复旦大学大肠癌诊治中心、复旦大学鼻咽癌诊治中心、复旦大学前列腺肿瘤诊治研究中心、复旦大学甲状腺肿瘤诊治研究中心、复旦大学附属肿瘤医院肺癌防治中心、复旦大学生物医学影像研究中心、复旦大学附属肿瘤医院恶性黑色素瘤防治中心等科研机构。主办《中国癌症杂志》、《肿瘤影像学》、英文版《Journal of Radiation Oncology》3本学术期刊，以及《抗癌》科普杂志。
2017年医院门急诊量133.97万人次，住院7.64万人次，手术4.22万人次，出院者平均住院日5.89天，医院运营效率位居全国肿瘤专科医院第一位。医院在最新的2016年度中国最佳医院综合排行榜中位列第26位，位居全国专科医院第一名，病理科连续第七年排名全国第一，肿瘤学排名全国第二。
2017年医院共招收硕士研究生50名，博士研究生56名,博士后3名；毕业硕士44名，博士49名；规培招录76名，结业86名。共获得各类纵向科研课题139项，累计科研经费6812万元，其中包括国家自然科学基金项目60项，总经费4550万元；共发表SCI论文338篇，IF总分为1558，其中大于5分108篇，在JCO、Nature子刊、Gastroenterology等顶级杂志上展示了本院原创性成果；获得授权专利19项，其中发明专利8项，实用新型专利11项。
2017年由国家发改委、国家卫计委遴选百家顶尖医院投资百亿元的疑难病症诊治能力提升工程项目储备库，上海市仅6家医院入围，复旦大学附属肿瘤医院作为上海市唯一的一家专科医院成功入选，充分彰显了复旦大学附属肿瘤医院在学科建设方面的扎实根基。
医院本着“构建内外关系、服务肿瘤患者、树立医院形象”的发展方向，把握原则，注重实效，不断加强国内合作，提高服务质量，扩大受益人群范围，充分发挥自身优势。2017年，医院积极探索肿瘤预防诊治一体化分级诊疗模式，相继与上海市闵行、宝山、金山等区县卫计委进行全面肿瘤防治医联体建设签约，积极推动区域卫生事业发展，提高区域内肿瘤规范化防治水平和基层医疗服务能力，致力建立基于分级诊疗和慢病管理的肿瘤防治一体化管理模式，为更多的肿瘤患者提供高质量的医疗服务。此外，医院积极拓展国际间“姐妹医院”合作项目。先后与美国德州安德森肿瘤中心（MDACC）、新加坡国立健保集团癌症中心、法国Gustave-Roussy肿瘤中心、日本金沢大学癌症研究所（Cancer Research Institute of Kanazawa University）、意大利肿瘤研究中心、美国杜克大学肿瘤研究所、澳大利亚皮特麦卡勒姆癌症中心、加拿大玛嘉烈公主癌症中心签署协议，缔结为姐妹医院，在医疗、科研、人才培养、患者国际转诊等方面进行深入的合作与交流。至此，复旦大学附属肿瘤医院已与国际上8所高端癌症研究机构和医院缔结了姐妹医院合作关系，为复旦大学附属肿瘤医院的学科建设搭建了优质的国际平台，进一步拓展和加深国际联络并推进复旦大学附属肿瘤医院的国际声望。
在市领导的高度重视和关心下，在国家和本市相关部门的大力支持下，上海市质子重离子医院暨复旦大学附属肿瘤医院质子重离子中心进入开业运营的第三年，复旦大学附属肿瘤医院在确保临床质量和安全的前提下，充分发挥质子重离子放疗对肿瘤的“定向爆破”优势，在临床经验、患者治疗数。