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上海市中山医院;特色科室：心内科、呼吸内科、血管外科、消化内科、肝肿瘤内外科
临床中心：血管外科中心、分部肿瘤中心、器官移植
上海市瑞金医院
特色科室：心内科、高血压科、血液科、烧伤科、小儿哮喘、小儿内分泌疾病
临床中心：血液中心、内分泌中心、体检中心心
上海市仁济医院
特色科室：消化内科、神经内科、风湿免疫科、泌尿外科、妇产科、儿科、中医科
临床中心：消化疾病、风湿疾病
上海市长征医院
特色科室：骨科、神经内科、神经外科、肾内科、泌尿外科
临床中心：脊柱外科疾病、急性创伤急救
上海市长海医院
特色科室：血管外科、肛肠外科、骨科、甲乳科、心内科
临床中心：上海市成人心血管病诊疗中心、生殖医学中心、脊柱侧凸中心
上海市第一人民医院
特色科室：眼科、泌尿外科、肾移植、心内科、妇产科、中医科
临床中心：器官移植中心、视觉复明、心脏病急救
上海市第六人民医院
特色科室：骨科、骨质疏松专科、妇产科、心内科、内分泌科
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特色科室：血管外科、整形外科、口腔科、皮肤科、长皮膏专科
临床中心：口腔临床中心、整复外科、关节外科
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特色科室：骨质疏松专科、中医科、各种老年人疾病
临床中心：临床营养中心
上海市新华医院
特色科室：普外科、神经外科、眼科、中医科、儿保科、小儿骨科
临床中心：外科畸形矫治、小儿先天性心脏病、听力障碍诊治中心、WHO新生儿保健合作中心、遗传医学新生儿筛查
上海市儿童医学中心
特色科室：小儿心血管科、小儿内分泌科、小儿血液科、儿童心脏手术
临床中心：新生儿保健合作、心血管、外科畸形矫治、血液肿瘤及听力筛查
上海市儿童医院
特色科室：小儿呼吸科、小儿肾病科、小儿内分泌科
临床中心：遗传研究、儿保所、急救、筛查、康复中心、危重新生儿抢救、先天泌尿畸形
上海市红房子妇产科医院
特色科室：妇产科
临床中心：中西医结合月经病诊疗中心、女性内分泌上海市肿瘤医院
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特色科室：肺内科、结核科
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特色科室：肺内科、胸外科、心内科
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特色科室：肝、胆肿瘤医院
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特色科室：中医科、骨伤科、肿瘤科、儿科、妇科、肛肠科、乳腺科、耳鼻喉科、风湿科
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特色科室：中医小儿哮喘专科、中医小儿厌食症特色科室、中医失眠症特色专科、中医红斑狼疮特色专科、中西医结合治疗帕金森氏综合症特色专科、中医综合治疗腰椎间盘突出症特色专科
上海市曙光医院（西）
特色科室：中医肝病科、中医脾胃科、中医骨伤科、中医肾病科、肛肠科、中西医结合心血管病
上海市岳阳医院
特色科室：针灸推拿科、神经内科、妇科、血液科
临床中心：针灸推拿临床中心
上海市光华医院
特色科室:风湿免疫科、类风关专科