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近百年来，医院拥有着一批国内的首创专业学科以及在我国率先开展的诊疗技术，如国内首创小儿科(1940）、泌
北京大学第一医院
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尿外科(1946)、肾脏病专业(1950)、综合医院心血管病房(50年代)、小儿神经专业(50年代)等；在国内率先开展改进静脉麻醉(1951)、先心手术(50年代)、肾移植(1960)、引进人工晶体植入术(1983)、冠心病介入性治疗(1986)、第一台自体血液回收机(1997)、胸腔镜手术(1992)、微创切口肺移植(2005)等，为我国的医学事业作出了卓越的贡献。
现今，医院设有心血管内科、呼吸内科、内分泌科、肾内科、血液内科、消化科、神经内科、感染病科、中医科、儿科、骨科、普通外科、泌尿外科、胸外科、心脏外科、神经外科、急诊科、皮肤科、麻醉科、妇产科、耳鼻喉-头颈外科、口腔科、眼科、小儿眼科、康复医学科、放射科、超声诊断科、核医学科、检验科、医学影像科、病理科等临床科室和医技科室。