上海第二医科大学附属第九人民医院为了更好的发展和提升综合实力，于1993年延请我国著名的神经外科专家当时在上海仁济医院（上海第二医科大学附属三甲医院）的丁美修教授带领4位已从事神经外科多年的专科医生（王秉玉等医师）来到九院成立了全新的独立的神经外科，年轻的科室，但是却有较高的起点和成熟的团队。在九院党委和院领导的大力关心和支持下，开始了艰苦的创业，于2004年成为院级重点科室。
丁美修教授为第一任主任（1993），继任主任为王秉玉主任（2002年），郭智霖教授（2008）为现任科室主任。
丁美修教授，1937年生，国务院特殊津贴获得者，曾任上海中华神经外科学会委员 ，1995年遴选为博士研究生导师，1961年毕业于上海第二医学院，1984-1985年间在Australian 皇家Adelade 医疗中心神经外科工作。上世纪70年代末期开始主攻脑血管病的手术治疗，进入90年代后他瞄准国际神经外科发展前沿，在国内较早开展颅底外科。承担了国家自然基金资助课题《正常灌注压突破的实验研究》、上海市科委《三维CT在颅底手术入路设计运用》、上海市教委《脑缺血后微血管之变化》、卫生部《实验动脉瘤的血液动力学变化研究》等项目。王秉玉主任1976年毕业于上海第二医科大学生医疗系，1997年-1993年11月在上海第二医科大学附属仁济医院神经外科工作，1993年12月调入第二医科大学附属第九人民医院神经外科工作。发表论文20余篇，参加编译书籍2本。从1990年起，开始从事脑血管病的临床和脑血流动力学的研究。对面神经损害整复手术，以及对面神经炎的鸡尾酒疗法，对侵及颈动脉的颈、颌、面、颅底的肿瘤《单侧颈动脉阻断脑对缺血的耐受》的系列研究持续至今。郭智霖主任医师是现任主任，硕士研究生导师，上海中华神经外科学会委员，中国颅面外科专业委员会常委、中华神经外科学会上海血管病委员会常委，
经过近二十年的学科建设，目前已涉及神经外科各个亚学科，科室拥有国际先进诊疗设备，显微微创神经外科已成为特色，学科骨干力量年富力强，经验丰富，在科室主任郭智霖教授的带领下，除了开展常规和传统的颅脑手术及脊髓手术外，在传统优势－脑血管病上有更进一步发展，在颅内巨大血管畸形，以及动脉瘤的一体化治疗，积累了不少经验，同时也发展了微创技术，在传统禁区手术脑干肿瘤切除也获得了突破，并且成功的实行了多例高难度的上颈髓巨大髓内肿瘤，在业内也获得高度评价。并且九院神经外科依托九院口腔外科和整形外科的优势，在颅底内外沟通肿瘤，颅面畸形，头面部巨大肿瘤治疗上也创造了九院神经外科的特色，在全国神经外科界有一定的影响力。在急诊创伤方面也有亮点，颅颌面损伤的抢救和后期整形治疗达到国内较高水平。九院神经外科全面开展以脑血管病，颅内肿瘤，脊髓肿瘤，复杂颅面畸形矫治，颅底肿瘤诊治以及颅神经疾病诊治为支柱的现代神经外科治疗，已成为上海交通大学颅神经联合诊治中心及垂体瘤联合诊治中心。
九院神经外科与美国，法国，日本和澳大利亚等国的同道建立了学术交流关系，先后有四位高年资医师出国访问，五名医师出国进修。和法国Clermont－Ferrant 第一大学医学院附属医学中心以及澳大利亚大学皇家Adeleide医院定期交流。2002年开始实施和法国“希望之链”协会建立的小儿神经外科领域的长期协作项目。2005年在滇成立神经外科临床协作中心
近二十年，九院神经外科从创建时期地下室14个床位，到中期的27张床位，发展到现在外科新大楼一层楼面44张病床（包括专科重症监护病房5张），手术医疗设备完善，包括手术显微镜，脑室镜，立体定向治疗仪，多功能电生理监护仪，经颅多普勒，CPT/C（感觉神经阈值测定仪）等，在医院最新型号CT,MRI及环绕DSA等大型设备的支持下给学科发展提供了有力的支持。目前九院神经外科有教授3名，副教授2名，全科11名医生，博士学历4人，硕士学历5人，5人国外工作或进修经历。护理组为全国三八红旗集体。