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上海交通大学医学院附属第九人民医院消化内科是集医疗、教学和科研为一体的综合性三级甲等教学医院的专业科室，建立于1970年（大内科消化组），历任科主任禇丞祎、朱舜时、刘海林，现任主任孟祥军。
现任科主任孟祥军，医学博士，博士生导师。从事临床工作20余年，临床经验丰富，擅长消化系统各种疑难疾病的诊治、消化内镜的操作, 完成内窥镜下诊治万余例。2003年至2009年期间在法国国家卫生研究院（INSERM）遗传与细胞分子生物学研究所（IGBMC）从事博士后研究工作，对胃肠道肿瘤及其癌前病变的防治具有较深的造诣。先后承担国家自然科学基金2项，2010年入选上海市浦江人才计划（A类）。担任及兼任?胃肠病学?、?世界华人消化杂志?、中华国际肿瘤学杂志、American Journal of Gastroenterology and Hepatology，American Journal of Cancer Case Reports和American Journal of Diabetes, Obesity & metabolism（Senior editor）；Tumor biology和IJMS编委(的高级编委）及审稿人；中华医学会上海市消化分会委员；中国医师协会上海市消化病分会委员。曾获上海市科技进步奖三等奖一项，在国内外著名专业杂志PNAS, Cancer Research等发表论文30余篇。
2014年11月上海交通大学医学院第三人民医院整建制并入并入第九人民医院，消化内科分为南北两部，每部均具备消化专病门诊、消化科病区和内镜室等完善的消化道疾病诊断和治疗体系。科里现有医师28人，其中主任医师3人，副主任医师7人，主治医生16人，研究生学历占80%。现核定床位44张，年住院人数超过2500人次。消化科病区病种广泛，包括上消化道出血、肝硬化及其并发症、肝功能衰竭、胃肠道肿瘤、炎症性肠病、急慢性胰腺炎等常见病、危重病，此外还收治腹膜间皮瘤、布-加综合症等少见病、疑难病。周一至周六均设有普通门诊和专家门诊，主要负责胃肠道及肝胆胰腺相关疾病的诊治，目前门诊量约10万人次/年。
数十年来，在历任主任不懈努力下，九院消化科逐步开展各项诊疗项目。于1975年开展肝脏穿刺诊断技术；1994年后开展内镜下硬化剂注射治疗食管曲张静脉破裂出血；1995年开展24小时食管pH监测、食管动力测定；1999年开设了脂肪肝专科门诊，与放射科合作开展原发性肝癌的化疗栓塞等介入治疗。此外，针对肝硬化并发症开展腹水浓缩静脉回输术、食管曲张静脉套扎术等诊疗技术；对消化道肿瘤患者进行规范的化疗；还开展B超引导下肝脓肿、肝囊肿穿刺引流；血液滤过抢救重症急性胰腺炎等；采用肝脏硬度检测仪Fibroscan对肝纤维化和脂肪肝程度进行无创性定量检测。目前内镜室配备有奥林巴斯290型高清电子胃镜、电子肠镜、十二指肠镜、超声内镜、单气囊小肠镜、胶囊内镜氩气刀等多种现代化设备，除开展常规内镜检查外，还积极开展内镜下治疗如ESD\EMR，ERCP，急诊内镜下止血、取异物，息肉摘除、消化道狭窄扩张和支架置入、经皮胃造口术等新技术。年内镜量约2万人次，年三四级手术近600人次。
九院消化内科是上海交通大学医学院博士硕士研究生培养点，目前有博士生导师2人，硕士生导师 2人，已培养博士研究生5名，硕士研究生13名。承担着口腔医学院、九院临床医学院、医学生物工程专业、夜大学等大量的教学任务。先后有5人荣获上海医药医学教育奖，1人获2009年第五届上海市消化青年医师论坛三等奖。
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