上海九院神经内科是上海市第一批市级脑卒中中心，是上海市神经内科住院医师和专科医师规范化培训基地之一，南北两院合并后共有80张核定床位和重症监护室，每年完成约14万人次左右门诊量，年收治住院病人3000例。南北两部各有独立的神经电生理室，可以完成包括常规脑电图、视频监护、睡眠监护、24小时动态脑电图、肌电图、各种诱发电位等各种临床神经电生理检查。现任科主任刘建仁博士，主任医师、博士生导师、上海九院专科医师培训基地主任、上海医学会脑卒中专委会疾病规范化诊疗组副组长、上海医学会神经病学分会委员、上海市市级脑卒中中心主任、上海市神经介入准入评审专家、中国医师学会神经介入分会委员、国家自然科学基金评审专家、上海市科委科技专家库成员。曾在德国基尔大学神经中心、美国哈佛大学麻省总医院神经内科和神经介入中心进修。擅长脑血管病和神经系统疑难疾病的诊治，以及神经和脊髓血管疾病的血管内介入诊疗工作，开展了急性缺血性脑卒中的动脉内溶栓和取栓、颅内动脉瘤支架辅助栓塞、血管畸形栓塞、脑动脉狭窄血管重建、脊髓血管畸形栓塞等介入治疗。南北两部各有神经重症监护室，抢救各类危重患者。
科室现有上海交通大学教授1人，博士研究生导师1人，硕士研究生导师1人，医师36人，其中高级职称11人，中级职称14人，初级职称9人，博士14人，硕士15人，外籍顾问教授2位。多人分别担任中华医学会神经病学分会脑血管病学组成员、中国卒中学会神经介入分会委员，中国卒中学会新药评审委员会委员，中国神经科学会上海分会理事、上海市医学会神经内科分会和行为医学分会以及中西医结合神经内科专科委员、上海市医学会脑电图与临床神经生理专科委员。
“急性脑血管病的介入治疗”、“耳石症的诊治”和“肌张力障碍、慢性难治性偏头痛、神经痛、脑卒中后肌肉痉挛的肉毒素治疗”是医院神经内科的特色。依托医院这些特色学科的发展，该学科以急性脑血管病的介入治疗、耳石症的诊治和肌张力障碍、慢性难治性偏头痛、神经痛、脑卒中后肌肉痉挛的肉毒素治疗为主攻方向，建立了特色鲜明的学科优势。南北两部全天候进行急性脑血管病的动、静脉联合的血管再通治疗。每年开展神经介入手术500台，包括急诊取栓、颈动脉支架、动脉瘤栓塞等。眩晕（耳石症）专病门诊每周两次，患者人数在上海处于前列。肉毒素治疗肌张力障碍、慢性难治性偏头痛、神经痛、脑卒中后肌肉痉挛等具有特色。
近年来，科室在神经病学基础和临床研究方面发展迅速，目前承担国家自然科学基金项目7项，上海市科委重点项目3项，上海卫计委项目3项，交大项目1项，科研经费900多万元。近5年科室成员以第一或者通讯作者身份、先后在Autophagy、Neurology、Stroke、Neurobiol Aging、J Alzheimer Dis、Exp Neurol、Neuroradiology、Cell Signal、Parkinsonism Relat Disord、Neuropathol Appl Neurobiol、CNS Neurosci Therapeutics、Neural Plast、Medicine等国际著名杂志发表30余篇临床和基础研究论文。
南北二院的融合为学科发展提供了巨大的机遇和平台。脑卒中的救治将成为科室未来的发展方向，在南部和北部脑卒中的救治将一体化，特别是北部将建设心脑血管病的救治中心，未来努力将科室建设成为国家级的高级卒中中心。同时，科室在眩晕、肉毒素治疗、帕金森和痴呆等各亚专业全面发展。学科将立足于科技创新、强调转化医学理念，从经验医学向循证医学模式转变，提高临床诊疗水平和能力，并全面实施各类人才培养计划。在保持目前临床医疗质量的前提下，逐步将临床医疗向临床科研的方向推进，以实现临床科研带动临床医疗的专科运行模式，充分发挥该学科专业特色在国内相关领域的优势，推动脑卒中救治一体化的整体发展，发挥在国内的引领作用。
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