北京协和医院风湿免疫科是我国最早成立风湿病学的专业科室之一，拥有多位全国知名的专家和教授。风湿免疫科是国家教委唯一风湿病专业全国重点学科。
风湿免疫科有一大批教授和知名医师活跃在医教研第一线，构成了风湿免疫科强大的团队，在国内外享有盛誉。
科室现已整体搬至协和医院西院区，有病区2层，床位68张；科内设有常规实验室和科研实验室，可以检测近百种自身抗体，为国内最大的自身抗体检测中心之一。出诊医师正副教授10余人，主治医师10余人，分别在西院区普通、特需和夜门诊出诊。为全国众多风湿免疫病和疑难重症患者解决疾苦。
肿瘤内科
肿瘤内科建立在协和内科深厚综合能力的基础之上。工作目标是充分利用协和扎实的内科治疗功底，凭借协和多学科强劲的综合实力，为肿瘤患者提供更规范、更先进、更经济、更有效的治疗。
目前肿瘤内科针对各种实体肿瘤（不包括妇科肿瘤），如肺癌、食道癌、胃癌、结直肠癌、肝癌、胰腺癌、淋巴瘤、乳腺癌、头颈部肿瘤、肾癌、黑色素瘤、男性生殖细胞肿瘤以及软组织肉瘤等开展以下方面的工作：
术后辅助化疗和晚期转移性肿瘤的化疗；生物治疗和分子靶向治疗等综合治疗；与放疗科协作进行化疗和放疗的综合治疗；与手术科室协作进行新辅助化疗(即术前辅助化疗)。
肿瘤内科参与首都医学发展科研基金项目、“863”基金项目以及“十一五”国家自然科学基金项目等大型研究，在对恶性肿瘤进行的学术攻关中成绩斐然。
多年来，协和肿瘤采用经循证医学证实的方案，结合肿瘤治疗的最新进展，努力使患者得到最新、最好和最适宜的治疗。
皮肤科
北京协和医院皮肤科在我国是最早的皮肤性病学科之一，
成立于1924年，首任主任是Dr. Chester N. Frazier。解放后一直由我国皮肤性病学奠基人之一、著名的皮肤性病学家、一级教授李洪迥任科主任。经过近一个世纪来几代人的不懈努力，皮肤性科学科队伍不断壮大，在医疗、教学、科研等方面取得了突出的成绩，为我国的皮肤病、性病学发展做出了突出贡献。皮肤性病科为国家重点学科、博士生及硕士生培养点。现有专家、教授16人，其中10名离退休教授仍然参加门诊、会诊与保健等医疗工作。在职职工47名，其中教授6名，副教授6名，主治医师10名，住院医师3名，技术员5名，护士16名。经过90年几代人的努力，我科已经成为设有普通门诊、性病门诊、激光中心、皮肤美容治疗中心、保健与特需门诊、急诊、病房、研究室等的大型皮肤性病科室。拥有一支勤奋好学、朝气蓬勃、年富力强的医护队伍。科内拥有先进的仪器、设备，为临床诊断、治疗、教学和科研等工作提供了良好的物质条件。
皮肤科多年来坚持三级医师查房及门诊疑难病例会诊等制度，使老协和的优良传统与现代医疗技术相结合，提高了医疗质量，培养出一批高水平临床医生，使广大患者获益。特别是在疑难病例会诊会上，来自皮肤科的老专家老教授、年轻医生和学生，以及兄弟科室、兄弟医院的临床医生、进修生、研究生聚集一堂，带来了他们的疑难病例和临床经验，共同讨论病例、交流临床经验，为解除患者疾苦出谋献策。提高了医疗水平，培养了新人，使皮肤科真正成为国内具有一定影响力的疑难病例会诊中心。同时，皮肤科还开展多种新项目、新疗法，如表皮移植治疗白癜风，PUVA治疗银屑病，308nm准分子激光治疗白癜风，药浴治疗大疱病、药疹和皮肤溃疡，开设包括银屑病、大疱病、硬皮病、中西医结合皮肤科、皮肤肿瘤、面部皮肤病、皮肤美容以及皮肤真菌病等专病门诊，提高了疗效，受到了患者的欢迎。
普通内科
为满足大众对连续性、综合性医疗服务日益增强的需求，内科学系的新专业——普通内科于2004年3月在北京协和医院率先成立。作为国内第一个集医教研为一体的学术性普通内科，我科为不同患者人群提供多层次的医疗服务：
1、内科常见病、多发病患者：我们为患者提供基本医疗与专科医疗相互协调的高质量的医疗服务。
2、发热、多系统损害等诊断不清的患者：几年来成功诊治了来自全国各地的大量疑难病、罕见病患者。在兄弟科室的支持下，我科已成为北京协和医院公认的内科疑难病诊治平台。
3、痛风专病门诊：为痛风患者进行诊断和药物治疗，同时注重长期随诊和非药物干预。