冲绳县政府认为，日本国土交通省是国家机构，国土交通大臣参与对地方政府的裁定违反了地方自治法，是违法行为。冲绳县知事玉城丹尼表示，防卫省冲绳县防卫局和国土交通省都是按照内阁的方针来执行填海工程的政府机构，“这就好比选手和裁判是同一个人，这样的裁决结果显然缺乏公正性”。