呼吸内科专业1978年在江载芳教授带领下成立，1990年后与结核专业合并，江载芳教授现任国际儿科学会的常委和执委，亚洲儿科学会常委，美国儿科学会荣誉会员。学科带头人申昆玲副院长，主任医师，教授，博士，博士研究生导师；中华医学会儿科学分会候任主任委员，中华医学会儿科学分会呼吸组组长，在学科带头人领导下，由各亚专科学科骨干作为负责人成立亚专科发展人才梯队，专业梯队呼吸专业共有医护技人员79人，其中医生32人，护士39人，技术人员8人。
呼吸内科在1991年率先在国内儿科最早开展支气管镜介入诊疗。2001年成立儿童哮喘中心，同年在国内最早建立了规模最大的儿童睡眠中心，采用与国际接轨的多导睡眠监测技术已完成了7000余例多导睡眠监测。
呼吸内科以致力成为全国小儿呼吸系统重症和疑难疾病诊治示范基地及呼吸专科人才培养基地为目标，确立的专科业务发展方向包括：①呼吸道感染性疾病诊治及其病原学研究；②睡眠呼吸障碍诊治及其发病机制研究；③支气管哮喘和喘息性疾病诊治及基础研究；④儿童支气管镜应用技术研究；⑤呼吸系统疑难疾病诊治及其发病机制研究；⑥原发纤毛运动障碍相关疾病诊治。
呼吸内科现已作为我院的重点支持学科，是我院儿科学国家重点学科的重要专业方向之一，我院省部共建重点实验室的确立为呼吸道病原学监测提供了平台保障，专科在近3年获批“儿科常见感染性疾病监测与筛查体系的建立”重大专项等科研立项共16项，2011年获批国家临床重点专科。
呼吸内科现有呼吸病房76张开放床位，其中结核病房11张床位，并具备完善的急救条件用以处理不良事件。两病房月均入院人数240-250人，另设有呼吸、结核专家专业门诊，呼吸科门诊年均就诊人数达30000-40000人次。2009年4月建立支气管镜观察室，8张床位，明显缓解需支气管镜诊治住院难的问题。