风湿免疫科
北京协和医院风湿免疫科是我国最早成立风湿病学的专业科室之一，拥有多位全国知名的专家和教授。风湿免疫科是国家教委唯一风湿病专业全国重点学科。
风湿免疫科有一大批教授和知名医师活跃在医教研第一线，构成了风湿免疫科强大的团队，在国内外享有盛誉。
科室现已整体搬至协和医院西院区，有病区2层，床位68张；科内设有常规实验室和科研实验室，可以检测近百种自身抗体，为国内最大的自身抗体检测中心之一。出诊医师正副教授10余人，主治医师10余人，分别在西院区普通、特需和夜门诊出诊。为全国众多风湿免疫病和疑难重症患者解决疾苦。
肿瘤内科
肿瘤内科建立在协和内科深厚综合能力的基础之上。工作目标是充分利用协和扎实的内科治疗功底，凭借协和多学科强劲的综合实力，为肿瘤患者提供更规范、更先进、更经济、更有效的治疗。
目前肿瘤内科针对各种实体肿瘤（不包括妇科肿瘤），如肺癌、食道癌、胃癌、结直肠癌、肝癌、胰腺癌、淋巴瘤、乳腺癌、头颈部肿瘤、肾癌、黑色素瘤、男性生殖细胞肿瘤以及软组织肉瘤等开展以下方面的工作：
术后辅助化疗和晚期转移性肿瘤的化疗；生物治疗和分子靶向治疗等综合治疗；与放疗科协作进行化疗和放疗的综合治疗；与手术科室协作进行新辅助化疗(即术前辅助化疗)。
肿瘤内科参与首都医学发展科研基金项目、“863”基金项目以及“十一五”国家自然科学基金项目等大型研究，在对恶性肿瘤进行的学术攻关中成绩斐然。
多年来，协和肿瘤采用经循证医学证实的方案，结合肿瘤治疗的最新进展，努力使患者得到最新、最好和最适宜的治疗。
2018年12月4日消息，被国家卫健委公布为首批肿瘤多学科诊疗试点医院。 [2]