上海市胸科医院创建于1957年，为我国最早建立的集医疗、教学、科研为一体的，以诊治心、肺、食管、气管、纵隔疾病为主的三级甲等专科医院。1957年起被卫生部指定为全国心胸外科进修基地，1988年起成为原上海第二医科大学教学医院，1994年被评为三级甲等医院，2004年成为上海市红十字胸科医院，2005年成为上海交通大学附属胸科医院。医院先后获得“全国卫生系统先进集体”、“全国无烟单位”、“上海市职业道德建设十佳单位”、“市文明单位”七连冠等殊荣。医院面向全国，每年收治的门急诊和住院病人逾30万人次，建院以来已施行各类胸部手术近10万例，心脏介入逾2万例，成功地医治和抢救了数以万计的疑难重危病人。目前医院开展的单肺、双肺、肺叶移植术，冠心搭桥术，心脏单、双瓣膜置换术及瓣膜成形术，各种心脏复杂畸形的诊治，各类肺、食管、气管、纵隔手术，心胸外科微创手术、包括达芬奇机器人手术系统辅助下的心胸手术，各类心脏疾病的介入诊治，恶性心律失常和急性心肌梗塞的救治，气管镜的诊疗技术以及病理细胞、组织学检测等均居国内先进水平；射频消融治疗房颤的手术数量和质量为亚太地区之首；肺癌的早期诊断和多学科治疗等居国际先进水平；还曾成功施行同种异体原位心脏移植术。
目前医院正承担着国家重点学科“心血管病学”、国家临床重点专科“心血管内科”、“胸外科”和“心脏大血管外科”、国家中医药管理局“十二五”重点专科——中西医结合肿瘤专业、上海市肺部肿瘤学临床医学中心及上海市医学重点学科“胸外科”、上海交通大学重点学科“呼吸内科”以及上海交通大学房颤诊治中心、上海交通大学食管疾病诊治中心的建设；并承担着国家“十一五”、“863”攻关课题、上海市“登山计划”等多项国家、部、市、局级重大课题的研究。并承担卫生部冠脉介入、心律失常、结构性心脏病介入诊疗培训基地、卫生部呼吸内镜培训基地、卫生部专科医生培训基地（心内科、肺内科、心外科、胸外科）、交大医学院临床住院医生规范化培训基地以及预防心脏性猝死上海培训基地、上海市重症监护护士实训基地、中华医学会麻醉学分会靶控输注技术培训中心等工作。已举办全国心胸外科进修班40余期，还每年承担“肺癌多学科诊断治疗”、“胸心外科学进展”等多项国家级继续教育项目的培训任务以及各高等院校的教学任务，并设有博士后流动站招生点。
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