上海交通大学医学院附属第九人民医院的前身“伯特利医院”创建于1920年。1952年更名为上海第九人民医院，1964年正式成为上海第二医科大学附属第九人民医院（以下简称“九院”），2005年上海第二医科大学与上海交通大学正式合并，九院改名为上海交通大学医学院附属第九人民医院（以下简称“九院”）。九院是经上海市卫生局核准登记的政府主办的非营利性三级甲等综合性医院。医院地处上海市中心城区黄浦区。医院承担本市部分基本医疗，主要从事急危重症和疑难疾病的救治，也是上海市120的定点医院，上海市口腔干部保健定点医院。截至2012年12月，九院占地面积61亩，总建筑面积17.3万平方米。核定床位数1000张，实际开放床位1019张。口腔综合椅位260张，临床科室37个，医技科室10个。全院职工近2400人，医疗专业技术人员占80.8%以上。现拥有3位中国工程院院士：著名整复外科专家张涤生教授、口腔颌面外科专家邱蔚六教授、骨科专家戴尅戎教授。
“十二五”以来九院学科建设水平不断发展。医院现拥有3个上海市临床医学中心（口腔临床、整复外科、关节外科）和2个上海市临床医疗质量控制中心（口腔医学、医学美容）。口腔临床医学、整复外科与组织工程学、外科学（骨科）现为国家重点学科，心血管内科为国家重点学科组员单位（牵头单位瑞金医院）；口腔基础医学现为国家重点培育学科。骨科、口腔颌面外科、牙体牙髓科、牙周科、口腔修复科和眼科为国家临床重点专科。口腔医学、整复外科学、骨科学为教育部“十二五”“211工程”重点建设学科。口腔黏膜病科列为国家中医药管理局重点专科。组织工程学为上海市“重中之重“学科，口腔颌面外科为上海市重点学科（优势学科），口腔修复生物材料学为上海市重点学科（特色学科），口腔基础医学和眼科学为上海市第三期重点学科。修复重建外科入选上海市“重中之重”临床医学中心，眼科为上海市“重中之重”临床重点学科，骨科为上海市教委重点学科。眼科、麻醉科、泌尿外科、内分泌科为上海交通大学医学院重点学科。九院也是上海交通大学医学院血管病诊治中心、疝与腹壁外科疾病诊治中心单位。
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