1963年，改名为“中医研究院西苑医院”，中医研究院内科研究所迁入西苑医院。

1973年，西苑医院护士学校成立。

1976年，开办全国中医研究班。

1985年，更名为“中国中医研究院西苑医院”。

1985年，成立“中国中医研究院老年医学研究所”。

1994年，被评为“三级甲等中医医院”和“全国示范中医医院”。

1995年，成立“中国中医研究院临床药理研究所”。

2005年，更名为“中国中医科学院西苑医院”。

2012年，通过“三级甲等中医医院”复审。

2012年，成为中医药研究北京市国际科技合作基地。

2013年，被世界中医药学会联合会伦理审查委员会授予“中医药临床研究伦理审查平台”。

2013年，成立“北京市中西医结合心血管病研究所”和“北京市中医脾胃病研究所”。

2013年，成立“中国中医科学院心血管病研究所”。

2013年，成立“中国中医科学院基础医学研究所”。

2013年，科技部颁发《2013年度国家级国际联合研究中心认定的通知》，“中澳中医药国际联合研究中心”获得国家级认证，成为国家国际科技合作基地。

医院设有心血管科、老年病科、血液病科、脾胃病科、肺病科、肿瘤科、脑病科、外科、创伤科、儿科、周围血管病科、肛肠科、风湿病科、肾病科、骨伤科、内分泌科、急诊科、妇科、眼科、耳鼻喉科、肝病科、针灸科、皮肤科、口腔科、理疗科、麻醉科、综合内科、不孕不育科、药剂科、检验科、超声科、病理科、放射科、核医学科、输血科、病案室、临床药理、血液透析室、保健中心等临床和医技科室。