2004年12月，原中国铁道建筑总公司总医院并入医院，正式命名为北京朝阳医院京西院区。

2008年，医院成为第二十九届北京奥运会定点医院。

2012年7月，医院理事会成立。

2017年5月，医院托管北京市怀柔区医院，增挂首都医科大学附属北京朝阳医院怀柔医院。

2019年，医院东院举行奠基仪式。 [1] 

医院设有心脏中心、呼吸科、内分泌科、肾内科、血液科、风湿免疫、神经内科、消化内科、综合科、高压氧科、感染科、肿瘤科、职业病与中毒医学科、普外科、泌尿外科、骨科、神经外科、肝胆外科、手麻科、胸外科、血管外科、外科ICU、整形外科、心外科、神经介入科、乳腺外科、甲状腺颈部外科、妇产科、儿科、生殖中心、眼科、口腔科、耳鼻咽喉头颈外科、急诊科、中医科、皮肤性病科、放射科、超声医学科、药事部、输血科、心脏超声科、病理科、基础医学、核医学科、检验科等临床科室与医技科室。